Markéta Zárybnická působí na Fakultě životního prostředí České zemědělské univerzity v Praze, kde se věnuje populační a behaviorální ekologii sýce rousného a populační dynamice drobných zemních savců. V Krušných horách vede ve spolupráci s kolegy a studenty unikátní dlouhodobé výzkumy zahájené v roce 1986. Propojuje v nich terénní ekologii, analýzu dat a moderní monitorovací technologie. V letech 2016–2026 vedla projekt občanské vědy Ptáci Online, který zapojil veřejnost, zejména školy, do výzkumu hnízdního chování ptáků a vytvořil archiv více než dvou milionů videozáznamů. Od roku 2025 vede s podporou Grantové agentury České republiky mezinárodní výzkumný tým, který zkoumá vliv environmentálních kontaminantů na populační dynamiku a stabilitu populací drobných zemních savců a jejich využití jako bioindikátorů. Vedle výzkumu se věnuje výuce ekologie a občanské vědy a rozvoji výzkumných dovedností a terénních zkušeností studentů.