Martin Hanel působí na Fakultě životního prostředí České zemědělské univerzity v Praze, kde vede výzkumnou skupinu zaměřenou na hydrologickou a klimatickou variabilitu. Ve své odborné práci se věnuje hydrologickému modelování, klimatologii a hodnocení dopadů změny klimatu na vodní režim, zejména v souvislosti se suchem, hydrometeorologickými extrémy a hospodařením s vodními zdroji. Podílí se na národních i mezinárodních výzkumných projektech zaměřených na dopady klimatické změny na vodní zdroje a ekosystémy. Vedle výzkumu se věnuje inovacím a internacionalizaci vysokoškolského vzdělávání, rozvoji studijních programů a propojování výuky s odbornou praxí.